L’iconografia di S. Giovanni di Dio è particolarmente ricca e diffusa in tutti i paesi in cui hanno operato i “Fatebenefratelli”.
La sua prima immagine, pubblicata in una biografia di De Castro, lo presenta inginocchiato davanti al Crocifisso, senza barba, col capo rasato e col bastone per sorreggere la cesta della questua. Numerose sono anche le raffigurazioni che riproducono episodi della sua vita e ritraggono il Santo mentre assiste o accompagna gli infermi.